Map<String, Integer> map = new HashMap<String, Integer>();
   
   String data;
   
   testCounter(String file)
   {
      data = loadFile(file);
   }
   
   private void runSequenceCount(int length, String output)
   {
      int start = 0;
      int end = length;
      Integer found;
      String sequence = "";
      
      
      
      while (end <= data.length() )
      {
         sequence = data.substring(start, end);
         
         found = map.get(sequence);
           
           
           
               if (found != null) 
               {
                   map.put(sequence,found + 1);
                   
                   
               } 
               else 
               {
                   map.put(sequence,1);
               }
               
           
           end++;
           start++;
      
      }
   
      printMap(map, output);
      
            
   }
   
   public void printMap(Map aMap, String output)
   {
      int mapsize = aMap.size();
      
      StringBuffer res = new StringBuffer();
      Iterator keyValuePairs1 = aMap.entrySet().iterator();
      
      try
      {
         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(output) );
         //set the iterator to point at length - limit
         for (int i = 0; i < mapsize; i++)
         {
              
              Map.Entry entry = (Map.Entry) keyValuePairs1.next();
              Object key = entry.getKey();
              Object value = entry.getValue();
              
              System.out.println("key = :" + entry.getKey() + ":");
              //res.append(key + " , " + value + "\r\n");
              
              out.println("key = :" + entry.getKey() + ":");
              
         }
      
      }
      catch (IOException e){ e.printStackTrace(); } 
      
      
   }